Схема комплексного использования и охраны водных объектов - это документ, который направлен на планирование осуществления водохозяйственных мероприятий по охране водных  объектов, направленных на удовлетворение фактической потребности и потребности в перспективе в водных ресурсах, планомерное сокращение антропогенного воздействия на водные объекты, обеспечение рационального использования и охраны водных  объектов, а также предотвращение негативного воздействия вод.

Схема комплексного использования и охраны водных объектов р. Индигирки содержит оценку водохозяйственной и экологической обстановки по всем водным объектам, входящим в водосбор р.Индигирки. Перечислены все загрязнённые акватории и все населённые пункты, подверженные затоплению и  размыву берегов. Констатировано, что во всех без исключения поселениях существуют проблемы с хозяйственно-питьевым водоснабжением: воды либо не хватает в зимний период, либо она ненормативного качества. Химическое загрязнение имеет место на малых реках, на которых расположены предприятия горнодобывающей промышленности, и вызвано  сбросом  в водные объекты взвешенных веществ и тяжёлых металлов. Последние поступают как со сточными и шахтными водами, так и с поверхностным, а также  дренажным стоком.  Загрязнение воды болезнетворными микроорганизмами имеет место ниже по течению рек практически от каждого населённого пункта. Размеры зон загрязнения колеблются от 10 до 60 км, в зависимости от местных условий.

Для решения существующих проблем бассейна р.Индигирки в схему предложена программа  строительных и организационных мероприятий, всего 84 наименования. Общая стоимость всех мероприятий составляет около 2 млрд. руб. В соответствии с действующим законодательством источниками финансирования должны быть: федеральный бюджет, республиканский бюджет и средства предприятий. Реализация программы рассчитана на период до 2025 г.

Программа мероприятий включает в себя: строительство защитных противопаводковых дамб, создание и реконструкцию водопроводных сооружений, сооружений водоподготовки и очистки сточных вод. Значительные средства  предусматриваются на развитие экологического и водохозяйственного мониторинга и организационно-технические мероприятия.

В частности, для Оймяконского улуса предусмотрены: реконструкция водопроводно-канализационной системы пос. Усть-Нера, поставка децентрализованных установок подготовки питьевой воды для больниц и детских учреждений (10 установок), создание локальной канализации в сёлах Томтор, Оймякон и Артык, обеспечение населённых пунктов ассенизационными машинами (10 машин), строительство навозохранилищ на 60 голов крупного рогатого скота, строительство противопаводковой дамбы в пос. Усть-Нера и ряд иных более мелких мероприятий.

В ходе общественного слушания для включения в перечень мероприятий, предусматриваемых схемой, были предложены следующие мероприятия:

- берегоукрепительные работы  в п. Усть-Нера протяженностью 3 км и в п. Артык протяженностью 1 км;

- ремонт и очистка каптажной галареи водозаборов п. Усть-Нера и п. Артык;

- мероприятия по защите населенных  пунктов Томтор (Куйдусун) и Орто-Балаган, а также сельскохозяйственных угодий от затопления паводковыми водами.